1918 wird im ostwestfälischen Gütersloh der Sportverein Arminia Gütersloh (SVA) gegründet. Obwohl die Deutsche Jugendkraft Gütersloh (DJK) erst 1923 gegründet wurde, war diese im Allgemeinen der stärkere Verein.

Der FC Gütersloh entstand 1978 aus der Fusion der DJK Gütersloh (Die Blauen) und SVA Gütersloh (Die Grünen), da beide einsahen, zusammen für Gütersloh mehr erreichen zu können. Die DJK spielte 1974-1976 in der 2. Bundesliga Nord; dem FC Gütersloh gelang durch erhebliche Investitionen 1995 der Aufstieg in die Regionalliga, und direkt im Anschluss (1996) der Aufstieg in die 2. Bundesliga.

1999 stieg der Verein jedoch wieder ab, und musste in der Folge am 14. Februar 2000 während der laufenden Saison der Regionalliga West/Südwest Insolvenz anmelden.

Der anschließend am 23. Februar 2000 neu gegründete FC Gütersloh 2000 fusionierte (unter Ausnutzung einer Lücke in der Verbandssatzung) mit dem FC Gütersloh von 1978 und übernahm sämtliche Aktivposten (insbesondere die Spielklassen) des FCG von 1978, allerdings nicht dessen Verbindlichkeiten.

Zum Start der Saison 2000/2001 wurde der Spielbetrieb unter einem neuen Vorstand und mit einem fast vollständig neuen Spielerkader wieder aufgenommen. Der Verein wurde in die Oberliga Westfalen eingruppiert, in der er bis zur Auflösung der Oberliga Westfalen nach der Saison 2007/2008 ununterbrochen spielte. Der Verein hat sich für die neugeschaffene NRW-Liga qualifiziert, in der er ab der Saison 2008/2009 spielt.

• 1918: Gründung als SpVgg Gütersloh
• 1923: Abspaltung von DSC Gütersloh 1945: Fusion mit SV Arminia Gütersloh zu SpVgg Arminia Gütersloh
• 1978: Fusion von SVA mit DJK Gütersloh zu FC Gütersloh 1978
• 2000: Auflösung des FC Gütersloh 1978
• 2000: Neugründung als FC Gütersloh 2000
• 2010: Neuausrichtung des FC Gütersloh